В долине Нила и Фаюмском оазисе в глубокой древности жило множество диких животных, но постепенно многие из них были вытеснены человеком. Здесь водились бегемоты, зубы которых использовались для изготовления резных изделий. Опасным хищником был нильский крокодил, второй по величине в мире. Сейчас немногочисленные крокодилы обитают только на самом юге Египта. В долине Нила жило большое количество птиц, среди которых нужно указать священного ибиса, сокола, а также многочисленных водоплавающих птиц, в том числе уток, цапель, журавлей и фламинго. В реке водились рыбы, среди которых особыми размерами отличался нильский окунь, вес которого может доходить до 140 кг. Кроме того, в реке водятся карпы и сомы. Также здесь обитали черепах и различные змеи.
Египтяне выделяли животных пустыни, которые жили, конечно, не в самой пустыни, а в оазисах и окружающей их саванне. Самыми крупными хищниками были львы, леопарды и гепарды, конкуренцию которым составляли гиены, шакалы, лисы и дикие коты, также водившиеся в дельте. Среди копытных встречались газели, криворогие антилопы и антилопы ориксы с прямыми рогами. В скалах и на деревьях можно было встретить летучих мышей. Змеи и ядовитые насекомые представляли большую опасность для людей.